在选择抗、耐病的红薯品种的基础上，一要合理轮作，红薯茎线虫在土壤中可以活2～3年，因此，可以与小麦、玉米等作物轮作4～5年，至少2年。二要培育无病种苗。育苗时要用新苗床和无病土。种薯用51℃～54℃的温水浸泡10分钟，之后剔除表面变色的薯块，栽苗时要剪去薯苗根部2～3厘米，这样可以减少带菌。要严格检查，剔除病苗。三要清洁薯田。
化学药剂防治上，有三种措施可防治茎线虫病：
一是药液浸苗，用50%的辛硫磷或40%的甲基异柳磷100～150倍液，将剪下待栽的幼苗基部大约10厘米浸入药液15分钟再行栽植。
二是毒土穴施，用5%的茎线灵颗粒剂1～1.5公斤加细土30公斤拌匀制成毒土，栽植时每穴施入约10克，然后再灌水、栽苗、覆土。
三是药液灌穴，用40%的甲基异柳磷0.3～0.5公斤兑水1500公斤，栽植时每穴浇药液0.5公斤后再栽苗、覆土。对于重病区，可以采用药液浸苗、药液灌穴、毒土穴施三管齐下，效果显著。
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